SMA NU Al Ma’ruf Kudus sebagai sekolah yang berbasis agama Islam, dengan berpegang teguh pada Ahlussunnah Waljamaah selalu rutin melaksanakan kegiatan dzikir manaqib bersama setiap bulan sekali. Dzikir manaqib tersebut diikuti oleh kepala sekolah, pengurus yayasan serta seluruh bapak guru tanpa terkecuali. Tujuan dari diadakannya dzikir manaqib tersebut yakni untuk lebih mendekatkan diri kepada Allah SWT, memohon ridho dan perlindungan dari Allah SWT terutama di masa pandemi seperti saat ini, serta mengajarkan kepada sesama untuk hidup bertoleransi, solidaritas, menjunjung tinggi rasa persaudaraan dan saling menjaga kenyamanan secara bersama. Tak lupa, kegiatan dzikir manaqib tersebut juga tetap mematuhi protokol kesehatan sesuai dengan anjuran pemerintah.