SMA NU Al Ma’ruf Kudus jalin kerjasama dengan Klinik Masyithoh sebagai upaya peningkatan kesehatan. Kerjasama tersebut telah terjalin cukup lama jauh sebelum adanya masa pandemi seperti sekarang ini. Tidak heran jika setiap Hari Kamis tim kesehatan bersama dokter dari Klinik Masyithoh Kudus hadir di SMA NU Al Ma’ruf Kudus guna memberikan pelayanan kesehatan secara gratis kepada seluruh warga SMA NU Al Ma’ruf Kudus. Dengan demikian, adanya jalinan kerjasama tersebut diharapkan dapat meningkatkan kesehatan kepada seluruh warga sekolah baik dari pihak guru maupun siswa SMA NU Al Ma’ruf Kudus.